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2021年1月20日，南京大学历史学院设立教育基地揭牌仪式在我馆举行。
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2021年，我馆自2016年成立二个摄制小组在全国各地采访抗战老兵。到目前为止，总行程达22万公里，共采访1600余位老兵。1月30日馆长吴先斌将采访的资料全部移交给了国家抗战老兵口述史项目首席专家、南京师范大学副校长张连红教授。
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2021年2月初至春节，博物馆将获得思源爱民公益基金，通过陕西、四川、湖南、江西、河南、山东、湖北、安徽、广西和南京本地的馆员志愿者们，将温暖送到了180位相对贫困的抗战老兵手中。
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2021年2月26日，抗战老兵卢华、周吉仁百岁老人不幸逝世。
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2021年2月26日，南京城墙管理中心一行40多人来我馆参观并指导工作。
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2021年3月13日，南京民建市区联动“叁陆玖•思享汇”红色历史宣讲课在我馆举行。
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2021年3月4日，见证日军投降签字仪式的抗战老兵赵振英去世，享年104周岁。
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2021年端午节期间，博物馆通过思源爱民基金募款，向全国200位抗战老兵送去了慰问。
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2021年5月16日，我馆被授予“红色书轩”铜牌。
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2021年5月19日，馆长吴先斌带着40多册文献图书来到南京体育学院羽毛球训练基地，向运动员们讲述抗战时期中国共产党的奋斗历程。
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2021年5月22日，抗日名将戴安澜之子戴澄东受其兄戴靖东委托， 将一枚戴安澜将军的勋章捐赠给我馆。
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2021年6月9日，我馆向新华日报报史馆捐赠、借展18件抗战珍贵资料
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2021年6月18日，南京市档案馆赠送我馆《抗日战争档案汇编》等丛书
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2021年，中秋节前夕，我馆联合全国各地关爱抗战老兵志愿者，共同开展慰问全国200位抗战老兵活动。
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2021年6月29日，“人间正道是沧桑——中国共产党南京历史展览”在渡江胜利纪念馆展出。我馆为其提供了部分文物。
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2021年7月5日，“南京方志大讲堂”第五讲雨花台区专场在南京民间抗日战争博物馆开讲。
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2021年9月9日，是日本投降签字仪式纪念日，南京民间抗日战争博物馆“听老吴，韶文物”视频号正式上线了，至9月底，已发“听老吴，韶文物”视频号四集，受到广大市民的广泛关注。
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2021年12月3日，“勿忘国耻，圆梦中华专题学术报告会”在南京江苏省社会科学院举行。
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2021年12月11日，由著名导演李杨执导的反映侵华日军南京大屠杀的纪录片《痕》小型放映会在馆举行。
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2021年12月12日，在第八个公祭日来临之际，由南京市委宣传部指导、南京报业周末报社承办的“和平之夜”主题活动。其中“不屈抗争”篇章的诵读就在南京民间抗日战争博物馆，
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2021年12月13日，由南京民间抗日战争博物馆、上海淞沪抗战纪念馆共同举办的《青春热血保家乡——抗战老兵口述史料文物展》在上海淞沪抗战纪念馆正式开展。
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2021年，在中国共产党成立一百周年之际，南京民间抗日战争博物馆被江苏省党史办公室评为《江苏省党史教育基地》。
