1937年12月，日军进攻南京。工兵营配合教导总队1旅2团作战，2团团长谢承瑞有法国留学的经历，所以和钮先铭有很多共同语言，战斗中两人密切配合，在敌我双方力量悬殊情况下，两人率部多次击溃日军并结下袍泽之情。战斗间隙，谢承瑞郑重告诉钮先铭，如果自己牺牲，请钮先铭照顾好自己的妹妹。12月12日晚，谢承瑞率部撤退，钮先铭负责掩护，谢承瑞于13日牺牲于挹江门。钮先铭到长江边时，已是孤身一人，慌乱中跌入长江，力图游到北岸，波涛的江水又把钮冲回南岸，无奈钮先铭只能在南岸逃生，在幕府山下，钮发现一个叫永清寺的寺庙，急忙躲进寺庙中。庙中守志、守印、二空三位和尚一看钮先铭慌不择路就知何人，迅速让钮先铭削发为僧，换上僧服，并为钮先铭取法名为“二觉”。
第二天，日军来永清寺清查，一个躲在寺庙内的中国警察被枪杀。日军见钮先铭年轻有力就强迫他挑柴到上元门，钮沿途看到被俘的中国士兵像羔羊一样被日军枪杀，待他回到寺庙时，寺庙里46名难民已被日军杀害。
第三天，一名日军曹长带着十几个日兵来检查，曹长认为钮先铭身份可疑，问钮先铭为什么头发是刚剪的，钮回答兵荒马乱，是有三个月未剃头，曹长半信半疑，问钮是否会念经，钮先铭想起儿时跟母亲念过《般若波罗密心经》，于是就给曹长念了一段才算脱险。
钮先铭后来回忆说：“日军在南京大屠杀中新造了两个词，一个是心焦，一个是罪过。”“心焦”是抢劫中国人的财产时说，“罪过”是指强奸中国妇女的用词。据说日军当着一位老祖母的面强奸孙女，祖母心痛，连呼“罪过”、“罪过”，结果却在日军中流传开来，成为日军强奸的代名词。钮先铭说：“‘心焦’与‘罪过’将永远成为日语中最丑恶的言辞。”
1938年3月，钮先铭随守印、二空两位和尚来到鸡鸣寺躲藏，尽管寺中有许多人知道钮先铭的真实身份，但谁也没有向日军或汉奸透露一丝风声。
日军官兵经常来鸡鸣寺游玩，钮先铭用一把修脚刀刻一方古鸡鸣寺印章，供日军有偿钤章纪念，又用主持二空的名义书写“佛”字售予日军，以解决寺中生计。因钮先铭与当时许多日军军官都是同学，一旦被日本同学认出身份，后果不堪设想，尽快逃离南京才是大计。
转危为安的钮先铭不忘对谢承瑞团长的承诺，迎娶谢团长妹妹谢承美为妻，白头偕老。
1939年，著名作家张恨水根据钮先铭的传奇经历撰写小说《大江东去》，使钮先铭家喻户晓。1945年日本战败，日酋中国派遣军副参谋长今井武夫赴芷江投降。在芷江，今井武夫见到已是少将的钮先铭顿觉眼熟暗暗自语，这不是鸡鸣寺的小和尚嘛。此时，时空转换，强弱易位，但中国人温良恭俭让，以德服人的文化精神没有改变，善待了每一位日俘。后来今井武夫在回忆录中写道，“占领之后的混乱告一段落，日本军官兵常游鸡鸣寺，与钮氏相邂逅，但终无感觉异状而未曾发现。”钮先铭认为是日军的百密而一疏。1964年，钮先铭退出军界，转入文化工作，以自己的经历创作出自传体小说《还俗记》，他说：“《还俗记》最大的特点是‘忠实历史’。”1996年钮先铭在美国去世，妻子谢承美写悼词一首：
露风凄紧苦寒胄，离乱情怀自条萧。
半世姻缘原有恩，自来怨恩两难销。
恸泪永隔岂是真，美乡世尘路几程。
故国思归梦未成，九州不同奈何人。
2005年，钮先铭的《还俗记》由南京师范大学在大陆出版，书名改为《佛门避难记》
