中文学习班结束后，贝德士来金陵大学任教。他发现金陵大学没有正规的历史学专业，决定增设历史专业，自己亲自编写教学大纲，金陵大学是今天南京大学校史的组成部分，
从某种意义上讲贝德士也是南京大学历史学院重要的开创者之一。
1927年 因北伐军兵临南京城下，南京城出现了乱兵，乱兵杀害了金陵大学副校长还抓走了贝德士，并扬言要杀害贝德士全家。危急中贝德士家中的中国籍佣人将贝德士的孩子抱回到自己家中隐藏以免被乱军杀害。此事给贝德士留下了终身难忘的印象，他因此一直深深的感谢中国人民的善良和友情。自己脱险后，他第一时间返回了金陵大学，1920年至1950年30年间贝德士多次返回美国，但他最终又回到他眷恋的南京。1935年贝德士获美国耶鲁大学博士学位，他曾多次前往日本考察，是最早向国际社会揭露日本会制造大规模侵略战争的学者之一。
1937年7月抗日战争全面爆发，金陵大学西迁，贝德士以副校长的名义留守学校资产。期间十分艰难地办了一所农业专科学校。
南京沦陷前后，他先后是南京国际难民区委员会的发起人与组织者之一，又担任国际红十字会南京分会的重要成员
，是当时为数不多的跨两个救济组织的成员。
1937年12月13日，日军占领南京制造了惨绝人寰的“南京大屠杀”贝德士迅速将金陵大学的校舍提供给难民，让失去家园的人们有了一个暂避风雨之地。“南京大屠杀”期间，贝德士多次到日本大使馆抗议并怒斥企图到难民营杀人犯火的日军，把日军的罪行报告给美国政府。
1941年，太平洋战争爆发。日军汪伪强占金陵大学，贝德士被迫离开。抗战胜利，贝德士即回金陵大学，开始战后复建工作。
1946年7月29日，贝德士远赴东京法庭，以第三方身份，为南京大屠杀受害者作证。在东京法庭上，贝德士从日军杀人、日军强奸、日军抢劫与纵火、日军毒品贸易、日本政府和军方知晓日军在南京的暴行等五个方面进行呈堂证言。当时媒体曾报道说：“前金大史学教授贝德士今日在国际战罪法庭详述在南京所犯各种奸淫屠杀及掠夺罪行时，法庭又充满恐怖惊诧之空气。”
贝德士常说：揭露暴行是我的一种道德义务。1950年，贝德士回到美国，1978年逝世，享年81岁。人们在整理他的遗稿时，发现他在南京沦陷期间写的一段悲怆的文字：给世界以和平，给人类以慈悲。
